কোষপ্রাচীর এবং কোষঝিল্লির মধ্যে পার্থক্য নিচে উল্লেখ করা হলােঃ
উদ্ভিদকোষে কোষপ্রাচীর থাকে, কিন্তু প্রাণিকোষে থাকে না। অপরদিকে, কোষঝিল্লি উদ্ভিদকোষ ও প্রাণিকোষ উভয়টিতেই থাকে। কোষপ্রাচীর জড়, শক্ত ও ভেদ্য প্রাচীরযুক্ত। এটি প্রধানত সেলুলােজ নির্মিত। আর কোষঝিল্লি জীবন্ত, স্থিতিস্থাপক ও অর্ধভেদ্য পর্দাযুক্ত। এটি প্রধানত প্রােটিন ও লিপিড সমন্বয়ে গঠিত।
কোষপ্রাচীর তিনটি স্তরে বিন্যস্ত যথা- মধ্যপর্দা, প্রাথমিক প্রাচীর ও গৌণ প্রাচীর, কিন্তু কোষঝিল্লির মধ্যাংশে দু’স্তর লিপিড এবং এর বাইরে ও ভেতরে দু’স্তর প্রােটিন থাকে। কোষ প্রাচীর নির্জীব হলেও কোষঝিল্লি সজীব। কোষ প্রাচীরের প্রধান কাজ কোষের আকার আকৃতি নিয়ন্ত্রণ এবং কোষকে দৃঢ়তা প্রদান। কোষঝিল্লির প্রধান কাজ কোষের ভেতরে ও বাইরে প্রয়ােজনীয় বস্তুর চলাচল নিয়ন্ত্রণ এবং কোষস্থ প্রােটোপ্লাজমীয় অংশ সংরক্ষণ।