যে এনজাইম প্রয়োগ করে DNA অণুর সুনির্দিষ্ট অংশ কর্তন করা যায় তাকে রেস্ট্রিকশন এনজাইম বলে। সুনির্দিষ্ট রেস্ট্রিকশন এনজাইম প্রয়োগ করেই কাঙ্ক্ষিত DNA এর চাহিদামত অংশ কেটে আলাদা করা হয়। আবার একই এনজাইম প্রয়োগ করে বাহক DNA এর সুনির্দিষ্ট স্থান কাটা হয়। রেস্ট্রিকশন এনজাইম সাধারণত ৪-৬ জোড়া বেস অংশ কেটে থাকে।