একই ফুলে বা একই গাছের ভিন্ন দুটি ফুলের মধ্যে যখন পরাগায়ন ঘটে তখন তাকে স্ব-পরাগায়ন বলে। যেমন- সরিষা, ধুতুরা ইত্যাদি উদ্ভিদে স্ব-পরাগায়ন ঘটে।
স্ব-পরাগায়নের সুবিধা
স্ব-পরাগায়নের বেশকিছু সুবিধা রয়েছে। সুবিধাগুলো হলো- স্ব-পরাগায়নে পরাগরেণুর অপচয় কম হয়, পরাগায়নের জন্য বাহকের ওপর নির্ভর করতে হয় না এবং পরাগায়ন নিশ্চিত হয়। স্ব-পরাগায়নের ফলে উৎপন্ন উদ্ভিদে বৈশিষ্ট্যের পরিবর্তন ঘটে না বলে প্রজাতির গুণাগুণ অক্ষুণ্ণ থাকে। কোন একটি উদ্ভিদ প্রজাতির চরিত্রগত বিশুদ্ধতা বজায় রাখতে স্ব-পরাগায়নই গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে।